Наверное, нужно отталкиваться от наиболее возможной неисправности/аварии на борту и района плавания. Второй двигатель со своим валом, винтом и питанием - это для судов класса "А" на случай проблем в океане. Что может случиться, наиболее вероятно, в наших условиях ? Посадка на мель с повреждением винта и/или вала, заливка не качественным топливом и соответственно засорение фильтров и/или топливной системы, засорение системы охлаждения, выход из строя генератора, неисправность ГД вследствие пробития прокладок, срыва шлангов. Остальные, более тяжелые варианты с ГД, наверное, маловероятны при условии нормального обслуживания.
Соответственно, при таких вводных, лучше иметь все-таки отдельный двигатель со своим валом, винтом, топливным баком и генератором.
Сергей, вы какие возможные проблемы рассматриваете в первую очередь ?